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    Mission Bio單細(xì)胞基因組測序(SNV+CNV)

     

    背景介紹

     

    單細(xì)胞測序技術(shù)的快速發(fā)展極大地加速了生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的相關(guān)研究,幫助科研人員克服了生物樣本內(nèi)異質(zhì)性等重大挑戰(zhàn),然而先前的單細(xì)胞測序優(yōu)勢主要集中在高通量獲取單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組信息,對于高通量的捕獲基因組以及多組學(xué)信息較為欠缺。 Mission Bio Tapestri平臺可以在單細(xì)胞水平,高通量的檢測來自同一細(xì)胞的SNV、 CNV以及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù),提供單細(xì)胞多組學(xué)解決方案,這將進(jìn)一步提高對細(xì)胞間異質(zhì)性的理解,提供細(xì)胞和遺傳組成的獨特見解。

     

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    單細(xì)胞基因組測序和傳統(tǒng)測序的區(qū)別

     

     

    技術(shù)原理

     

    Mission Bio的Tapestri平臺基于微液滴的微流控裝置,利用油包水體系對細(xì)胞進(jìn)行捕獲與封裝。封裝時,細(xì)胞和蛋白酶等會被一起裝入微液滴中,每一個微液滴相當(dāng)于一個微容器。之后,細(xì)胞在微液滴中進(jìn)行裂解、加條形碼(barcoding)等步驟,再結(jié)合靶向 PCR 擴(kuò)增技術(shù),對特定的DNA 目標(biāo)序列與蛋白產(chǎn)物進(jìn)行單細(xì)胞水平的建庫。建庫完成后,即可進(jìn)行高通量測序和后續(xù)的生物信息學(xué)分析。

    Mission Bio DNA單細(xì)胞平臺原理

     

    Mission Bio 單細(xì)胞基因組測序(SNV+CNV)

     

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    結(jié)果展示

     

     

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    細(xì)胞分群圖(左); 聚類熱圖(中); 小提琴圖(右)

     

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    相關(guān)性分析(左); 突變共發(fā)生魚形圖(中); 克隆進(jìn)化分析(右)

     

    產(chǎn)品優(yōu)勢

     

     

    超高通量

    可對每個樣本的5,000-10,000個細(xì)胞進(jìn)行多組學(xué)分析;

     

    平臺唯一

    目前唯一的高通量單細(xì)胞DNA(SNV、 InDel、 CNV、 LOH和易位)檢測平臺,唯一的高通量單細(xì)胞DNA和蛋

    白質(zhì)聯(lián)合檢測平臺;

     

    高靈敏度

    能檢測到0.1%亞克隆,即可檢測到0.1%細(xì)胞群體中發(fā)生的突變;

     

    流程簡單

    工作流程簡單,深度的數(shù)據(jù)分析及可視化,一鍵構(gòu)建細(xì)胞水平上突變圖譜、探索克隆分布和克隆進(jìn)化等,

    實現(xiàn)DNA和蛋白分析結(jié)果的共呈現(xiàn)。

     

    定制服務(wù)

    可選擇已有的目錄化Panel,也可根據(jù)研究需求進(jìn)行靶向DNA&蛋白質(zhì)panel定制;

     

    高性價比

    與低通量或傳統(tǒng)人工操作等方法相比,成本降低數(shù)十倍;

     

    經(jīng)驗豐富

    百奧醫(yī)藥技術(shù)團(tuán)隊現(xiàn)已累積100余種不同組織類型、數(shù)千余個樣品的單細(xì)胞測序經(jīng)驗。

     

    送樣要求

     

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    應(yīng)用方向

     

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    應(yīng)用案例

     

    單細(xì)胞DNA測序揭示海綿狀血管畸形致病機制

    PIK3CA and CCM mutations fuel cavernomas through a cancer-like mechanism

    發(fā)表雜志:Nature (IF: 49.962); 發(fā)表時間: 2021年 6月; 應(yīng)用技術(shù): Mission Bio 單細(xì)胞多組學(xué)測序

     

    血管畸形如腦部海綿狀血管畸形(CCMs) 是年輕人中風(fēng)和癱瘓的重要病因。對小鼠模型的研究結(jié)果顯示,同時存在KRIT1基因功能缺失和PIK3CA基因獲得性突變的小鼠發(fā)展出嚴(yán)重的CCM病變。通過對79個手術(shù)切除的CCM病變樣本的66個基因(包括CCM相關(guān)基因和PIK3CA)的bulk測序,發(fā)現(xiàn)人類CCM病變組織中也含有PIK3CA突變,并存在多個不同的突變位點。為了確定PIK3CA和CCM相關(guān)基因的體細(xì)胞突變是否出現(xiàn)在人類CCM的同一細(xì)胞中,本研究使用3個散發(fā)性和兩個家族性CCM進(jìn)行了單細(xì)胞核DNA測序。結(jié)果表明,大多數(shù)突變細(xì)胞核包含所有已鑒定的CCM相關(guān)基因和PIK3CA體細(xì)胞突變,較少的細(xì)胞核顯示了每種可能的基因型組合。這說明, PIK3CA和CCM相關(guān)基因的體細(xì)胞突變發(fā)生在同一細(xì)胞中。此外,為進(jìn)一步探究CCM的機制,本研究還利用小鼠模型對CCM中的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)進(jìn)行了研究。

     

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    GOF PIK3CA突變和LOF CCM突變在人類CCM的同一細(xì)胞中共存

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